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Cómo hacer un archivo FASTA en un Mac

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Cómo hacer un archivo FASTA en un Mac


El formato de archivo FASTA es un formato basado en texto utilizado para representar secuencias de nucleótidos y de péptidos con los códigos de una sola letra. El formato se originó con el paquete de software FASTA, que fue desarrollado en la Universidad de Virginia. El formato FASTA se ha convertido en un estándar en el campo de la bioinformática. Es posible descargar el paquete de software FASTA y crear y comparar las secuencias en su propia computadora Mac.

Cosas que necesitará

FASTA programa ejecutable para Mac OS X

programa de terminal

Instrucciones

  • 1

Descargar un archivo ejecutable de FASTA construido para Mac OS X (ver Recurso 1). Profesor WR Pearson de la Universidad de Virginia mantiene un sitio con el código fuente y archivos ejecutables binarios para un número de plataformas. A partir de febrero de 2012, la última versión binaria de FASTA para Mac OS X es FASTA-35.4.11.macosxuniv.tar.gz.

2

Abra una ventana del Finder y navegar usando la barra lateral izquierda de la carpeta de descarga. Haga doble clic en el archivo binario ejecutable FASTA que ha descargado. Esto descomprimir y desarchivar el paquete para crear una sub-carpeta con el nombre "FASTA-35.4.11" en la carpeta de descarga.

3

Abra una ventana de terminal y vaya a la carpeta de Descargas desde la línea de comandos. El comando en la terminal será "cd descargas" si utiliza los valores predeterminados del sistema. En la carpeta Descargas, escriba "cd FASTA-35.4.11" para entrar en la carpeta FASTA.

4

Escriba el comando "bin / fasta35 q ss / ss mgstm1.aa / prot_test.lseg" en la ventana de terminal. Esto ejecutará una secuencia de consulta de prueba en contra de una biblioteca de prueba. Si este comando se ejecuta correctamente, verá un resumen de los tiempos de exploración y residuos de secuencia.

5

Hacer un archivo FASTA usando cualquier editor de texto, como la aplicación TextEdit o el comando vi desde la terminal. Un archivo FASTA es un archivo de texto simple. La primera línea del archivo debe contener un carácter ">" seguido de un identificador de secuencia. Su archivo FASTA debe contener una secuencia de ADN en las líneas restantes.

Consejos y advertencias

Se puede usar cualquier extensión para el nombre de su archivo FASTA, aunque .fasta es común.

Si la primera línea del archivo FASTA no contiene un carácter ">" inicial o no contiene una secuencia apropiada en las líneas restantes, el programa fasta35 no será capaz de analizarlo.

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